Pondok Pesantren Al-Khoirot (PPA) menganut sistem pendidikan terintegrasi yang merupakan perpaduan dari sistem salaf (tradisional) dan modern. Hal ini tak lepas dari kultur pesantren yang terkenal dengan prinsip المحافظة علي القديم الصالح والأخد علي الجديد الأصلح (memelihara nilai lama yang baik, dan mengadopsi nilai baru yang lebih baik). Tidak hanya itu, PPA juga mengadopsi sejumlah pola pendidikan yang ada di luar negeri. Seperti kajian kitab kuning yang tidak hanya terfokus pada disiplin ilmu fiqh, nahwu/sharaf, dan ilmu kalam. Tapi juga meningkatkan intensitas kajian tafsir dan hadits dan perangkatnya (ilmu hadits, ushul fiqh, ilmu tafsir, dll).

Secara garis besar kegiatan pendidikan di PPA terbagi menjadi empat. Yaitu, (a) pengajian kitab kuning (كتب التراث), (b) madrasah diniyah (madin), (c) sekolah formal MTs (Madrasah Tsanawiyah) dan MA (Madrasah Aliyah), dan (d) program intensif bahasa Arab.